Улаанбаатарын Их сургууль нь БСШУЯамны 960068 тоот тусгай зөвшөөрлийн дагуу Магистр, докторын сургалтандаа Монгол судлал, Утга зохиол судлал, Түүх, Хими, Биологи, Хэрэглээний Физик, Хэрэглээний математик, Компьютерийн ухаан, Төрийн захиргааны менежмент, Бизнесийн удирдлага гэсэн 10 чиглэлээр магистрын, Монгол судлал, Утга зохиол судлал, Түүх, Хими, Биологи зэрэг 5 мэргэжлээр докторын сургалт явуулж нийт 309 магистрант, 99 докторант суралцаж байна.
Магистрант, докторантуудад зориулсан Эрдэм шинжилгээний төв тогтмол ажиллаж төвийн зөвлөх багшаар дэлхийд нэртэй эрдэмтэд, төрийн соёрхолт академич Х.Намсрай, академич Ц.Баатар, Монгол улсын соёлын гавьяат зүтгэлтэн, доктор профессор Д.Цэдэв, Монгол улсын соёлын гавьяат зүтгэлтэн, доктор профессор Ч.Дагвадорж, Монгол улсын гавьяат багш доктор, профессор О.Цэвэгдорж, Монгол улсын гавьяат археологич Д.Эрдэнэбаатар нарын зэрэг эрдэмтэд ажиллаж, судалгаа шинжилгээний ажлын зөвлөгөө өгч байна. Магистрант, докторантын сэдэвт ажлыг өөрийн сургуулийн профессор багш нар болон хамтын ажиллагааны гэрээтэй ШУ-ны хүрээлэнгүүдэд олон жил тухайн чиглэлээр ажилласан монголын нэртэй эрдэмтэд удирдан хамгаалуулдаг юм.
Магистр, докторын сургалтын үйл ажиллагааг Магистр, докторын сургалтын албаны дарга, Хэл бичгийн ухааны доктор, профессор Х.Сүглэгмаа, МДСА-ны мэргэжилтэн боловсролын магистр Э.Дэлгэрмаа нар удирдан явуулж байна.
